落户时发现学籍档案丢失，确实会有一定的影响。以下是具体的影响：

✅身份核实：
学籍档案是政府部门核实个人身份和学历背景的重要依据。在办理落户时，政府需要核实申请人的身份信息和学历证明。如果学籍档案丢失，将无法提供有效的学历证明，可能导致身份核实受阻，进而影响落户手续的办理。

✅增加办理难度和时间成本：
学籍档案的补办流程相对繁琐，需要准备一系列材料并经过多个部门的审核。在补办过程中，可能需要花费大量的时间和精力，从而增加落户手续的办理难度和时间成本。
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遇到档案丢失的情况该如何处理呢？
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1.首先，需要确认学籍档案确实已经遗失，并了解具体遗失的是哪部分档案。这有助于后续有针对性地进行补办。
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2.如果确认学籍档案遗失，应尽快联系原毕业学校或相关教育部门进行补办。补办流程通常包括开具档案遗失证明、准备相关证明材料（如身份证、学历证明等）、提交补办申请、审核并重新出具档案材料等步骤。
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3.在补办完学籍档案后，可以携带新补办的档案以及其他落户所需材料（如身份证、户口本、房产证等）前往当地公安机关户籍管理部门办理落户手续。在办理过程中，需如实说明档案遗失情况，并提交补办档案的相关证明。
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综上所述，落户时发现学籍档案丢失会对办理落户手续产生一定的影响。为了顺利办理落户手续，个人应尽快确认档案遗失情况并着手补办学籍档案。同时，在办理过程中应如实说明情况并提交相关证明材料以便政府部门进行审核和办理。此外，为了避免类似情况的再次发生建议个人妥善保管好自己的各类档案材料。